Se non l’hai già fatto, scarica Avogadro cliccando su free download Avogadro e guarda eventualmente i tutorial.
Le encefaline sono peptidi cerebrali con attività oppiacea. Una molecola di encefalina è formata dalla sequenza amminoacidica Try-Gly-Gly-Phe-Leu.
Su una pagina di Avogadro costruisci la molecola dell’encefalina (sequenza Build → Insert → Peptide) scrivendo la sequenza data.
Dopo averne ottimizzato la geometria (sequenza Extension → Optimize geometry) e fatto ruotare adeguatamente la struttura, apri una nuova pagina di Avogadro e richiama la molecola della leucina.
Confronta le due molecole: riesci a individuare la posizione della leucina nell’encefalina?